Sans que ses amis et compagnons d'aventures du film précédent, Bethany, Fridge et Martha, soient au courant, Spencer a conservé les morceaux du jeu vidéo Jumanji dans le sous-sol de la maison de sa mère. De retour pour les vacances, alors qu'il mène une vie d'étudiant difficile à New-York et qu'il est contraint de partager sa chambre avec son grand-père convalescent, il répare le système et est happé par le jeu. Le lendemain, ses amis, avec qui il avait rendez-vous pour un brunch, passent chez lui prendre de ses nouvelles, ne l'y trouvent pas, mais constatent que le jeu en est en cours dans la cave de Spencer : tous décident de rentrer dans Jumanji pour le sauver. Le grand-père de Spencer, Eddie, et son ami Milo Walker entendent le chahut et se laissent entraîner par inadvertance dans le jeu et deviennent deux des avatars de Jumanji. Bethany et Fridge restent sur le carreau. Les amis adolescents doivent aider Eddie et Milo à s’habituer à leurs avatars du jeu, les aider à retrouver Spencer et à s'échapper à nouveau de Jumanji (ce qui n'est pas une tâche facile étant donné qu'il s'agit du niveau supérieur).