Un mystérieux groupe terroriste appelé "Humanize" croit fermement à la "théorie de l'apocalypse de la singularité des Alters". Cette idée stipule que si les Alters des générations futures continuent à se mélanger, le pouvoir qu'ils détiendront conduira à la disparition de l'humanité. De plus, les Humanize pensent que les Alters sont une maladie et prévoit donc de "nettoyer le monde" en exterminant tous ceux qui en sont atteints. Les Humanize ont placé des "bombes à déclenchement d'idées" dans plusieurs pays, et ces explosifs sont censés faire perdre à une personne le contrôle de son Alters, ce qui entraîne une destruction massive. Pour sauver et protéger tout le monde, les héros en formation de l'Académie U.A., s'unissent pour contrecarrer les efforts du mystérieux groupe.